L’étude des stratégies de séparations préparatrices de protéines par électrophorèse capillaire

La protéomique est un sujet d'intérêt puisque l'étude des fonctions et des structures de protéines est essentiel à la compréhension du fonctionnement d'un organisme donné. Ce projet se situe dans la catégorie des études structurales, ou plus précisément, la séquence primaire en acides aminés pour l’identification d’une protéine. La détermination des protéines commence par l'extraction d'un mélange protéique issu d'un tissu ou d'un fluide biologique pouvant contenir plus de 1000 protéines différentes. Ensuite, des techniques analytiques comme l’électrophorèse en gel polyacrylamide en deux dimensions (2D-SDS-PAGE), qui visent à séparer ce mélange en fonction du point isoélectrique et de la masse molaire des protéines, sont utilisées pour isoler les protéines et pour permettre leur identification par chromatographie liquide and spectrométrie de masse (MS), typiquement. Ce projet s'inspire de ce processus et propose que l'étape de fractionnement de l'extrait protéique avec la 2D-SDS-PAGE soit remplacé ou supporté par de multiples fractionnements en parallèle par électrophorèse capillaire (CE) quasi-multidimensionnelle. Les fractions obtenues, contenant une protéine seule ou un mélange de protéines moins complexe que l’extrait du départ, pourraient ensuite être soumises à des identifications de protéines par cartographie peptidique et cartographie protéique à l’aide des techniques de séparations analytiques et de la MS. Pour obtenir la carte peptidique d'un échantillon, il est nécessaire de procéder à la protéolyse enzymatique ou chimique des protéines purifiées et de séparer les fragments peptidiques issus de cette digestion. Les cartes peptidiques ainsi générées peuvent ensuite être comparées à des échantillons témoins ou les masses exactes des peptides enzymatiques sont soumises à des moteurs de recherche comme MASCOT™, ce qui permet l’identification des protéines en interrogeant les bases de données génomiques. Les avantages exploitables de la CE, par rapport à la 2D-SDS-PAGE, sont sa haute efficacité de séparation, sa rapidité d'analyse et sa facilité d'automatisation. L’un des défis à surmonter est la faible quantité de masse de protéines disponible après analyses en CE, due partiellement à l'adsorption des protéines sur la paroi du capillaire, mais due majoritairement au faible volume d'échantillon en CE. Pour augmenter ce volume, un capillaire de 75 µm était utilisé. Aussi, le volume de la fraction collectée était diminué de 1000 à 100 µL et les fractions étaient accumulées 10 fois; c’est-à-dire que 10 produits de séparations étaient contenu dans chaque fraction. D'un autre côté, l'adsorption de protéines se traduit par la variation de l'aire d'un pic et du temps de migration d'une protéine donnée ce qui influence la reproductibilité de la séparation, un aspect très important puisque 10 séparations cumulatives sont nécessaires pour la collecte de fractions. De nombreuses approches existent pour diminuer ce problème (e.g. les extrêmes de pH de l’électrolyte de fond, les revêtements dynamique ou permanent du capillaire, etc.), mais dans ce mémoire, les études de revêtement portaient sur le bromure de N,N-didodecyl-N,N-dimethylammonium (DDAB), un surfactant qui forme un revêtement semi-permanent sur la paroi du capillaire. La grande majorité du mémoire visait à obtenir une séparation reproductible d'un mélange protéique standard préparé en laboratoire (contenant l’albumine de sérum de bovin, l'anhydrase carbonique, l’α-lactalbumine et la β-lactoglobulin) par CE avec le revêtement DDAB. Les études portées sur le revêtement montraient qu'il était nécessaire de régénérer le revêtement entre chaque injection du mélange de protéines dans les conditions étudiées : la collecte de 5 fractions de 6 min chacune à travers une séparation de 30 min, suivant le processus de régénération du DDAB, et tout ça répété 10 fois. Cependant, l’analyse en CE-UV et en HPLC-MS des fractions collectées ne montraient pas les protéines attendues puisqu'elles semblaient être en-dessous de la limite de détection. De plus, une analyse en MS montrait que le DDAB s’accumule dans les fractions collectées dû à sa désorption de la paroi du capillaire. Pour confirmer que les efforts pour recueillir une quantité de masse de protéine étaient suffisants, la méthode de CE avec détection par fluorescence induite par laser (CE-LIF) était utilisée pour séparer et collecter la protéine, albumine marquée de fluorescéine isothiocyanate (FITC), sans l'utilisation du revêtement DDAB. Ces analyses montraient que l'albumine-FITC était, en fait, présente dans la fraction collecté. La cartographie peptidique a été ensuite réalisée avec succès en employant l’enzyme chymotrypsine pour la digestion et CE-LIF pour obtenir la carte peptidique.

Développement de matériaux à base de protéines extraites du byssus de la moule bleue Mytilus edulis

Le byssus est un amas de fibres que les moules produisent afin de s’ancrer aux surfaces immergées sous l’eau. Ces fibres sont pourvues de propriétés mécaniques impressionnantes combinant rigidité, élasticité et ténacité élevées. De plus, elles possèdent un comportement d’auto-guérison de leurs propriétés mécaniques en fonction du temps lorsque la contrainte initialement appliquée est retirée. Les propriétés mécaniques de ces fibres sont le résultat de l’agencement hiérarchique de protéines de type copolymère blocs riches en collagène et de la présence de métaux formant des liens sacrificiels réversibles avec certains acides aminés comme les DOPA et les histidines. Bien que cette fibre soit très intéressante pour la production de matériaux grâce à son contenu élevé en collagène potentiellement biocompatible, cette ressource naturelle est traitée comme un déchet par les mytiliculteurs. L’objectif de cette thèse était de valoriser cette fibre en extrayant les protéines pour générer une nouvelle classe de matériaux biomimétiques. Un hydrolysat de protéines de byssus (BPH) riche en acides aminés chargés, i.e. ~30 % mol, et permettant de former des films a pu être généré. Lorsque solubilisé à pH 10.5, le BPH forme un hydrogel contenant des structures en triple hélice de collagène et des feuillets β anti-parallèles intra- et inter-moléculaires. Suite à l’évaporation de l’eau, le film de BPH résultant est insoluble en milieu aqueux à cause des structures secondaires très stables agissant comme points de réticulation effectifs. Les propriétés mécaniques des films de BPH sont modulables en fonction du pH. Au point isoélectrique (pI = 4.5), les interactions électrostatiques entre les charges opposées agissent comme points de réticulation et augmentent la rigidité des films et leur contrainte à la rupture sans affecter la déformation à la rupture. À pH plus élevé ou plus bas que le pI, les performances mécaniques des films sont plus faibles à cause de la répulsion entre les groupements fonctionnels de même charge qui interagissent plutôt avec les molécules d’eau et causent le gonflement de la matrice protéique des films. Le BPH contenant un nombre élevé d’acides aminés chargés et réactifs, nous avons pu réticuler les films de manière covalente à l’aide d’EDC ou de glutaraldéhyde. Les propriétés mécaniques des films sont modulables en fonction de la concentration d’EDC utilisée lors de la réticulation ou en employant du glutaraldéhyde comme agent réticulant. Les films sont à la fois plus rigides et plus forts avec un degré de réticulation élevé, mais perdent leur extensibilité à mesure que les segments libres de s’étirer lors d’une traction deviennent entravés par les points de réticulation. La réticulation augmente également la résistance à la dégradation enzymatique par la collagénase, les films les plus fortement réticulés lui étant pratiquement insensibles. La spectroscopie infrarouge montre enfin que la réticulation entraîne une transition de feuillets β anti-parallèles inter-moléculaires vers des structures de type hélices de collagène/PPII hydratées. Des liens sacrificiels ont été formés dans les films de BPH par traitement au pI et/ou avec différents métaux, i.e. Na+, Ca2+, Fe3+, afin de moduler les propriétés mécaniques statiques et d’évaluer le rôle de ces traitements sur le comportement d’auto-guérison lors de tests mécaniques cycliques avec différents temps de repos. Plus la valence des ions métalliques ajoutés augmente, plus les propriétés mécaniques statiques affichent un module, une contrainte à la rupture et une ténacité élevés sans toutefois affecter la déformation à la rupture, confirmant la formation de liens sacrificiels. Les tests mécaniques cycliques montrent que les traitements au pI ou avec Ca2+ créent des liens sacrificiels ioniques réversibles qui mènent à un processus d’auto-guérison des performances mécaniques dépendant du pH. L’ajout de Fe3+ à différentes concentrations module les performances mécaniques sur un plus large intervalle et la nature plus covalente de son interaction avec les acides aminés permet d’atteindre des valeurs nettement plus élevées que les autres traitements étudiés. Le Fe3+ permet aussi la formation de liens sacrificiels réversibles menant à l’auto-guérison des propriétés mécaniques. Les spectroscopies Raman et infrarouge confirment que le fer crée des liaisons avec plusieurs acides aminés, dont les histidines et les DOPA. Les résultats dans leur ensemble démontrent que les films de BPH sont des hydrogels biomimétiques du byssus qui peuvent être traités ou réticulés de différentes façons afin de moduler leurs performances mécaniques. Ils pourraient ainsi servir de matrices pour des applications potentielles dans le domaine pharmaceutique ou en ingénierie tissulaire.

Les missions des bibliothèques publiques autonomes du point de vue des élus municipaux québécois

La légitimité d’une organisation est fondée sur sa mission, c’est-à-dire sur sa raison d’être. Des responsables des bibliothèques et de nombreux chercheurs craignent que la légitimité des bibliothèques publiques soit contestée dans la société de l’information. De plus, les textes officiels présentant les missions des bibliothèques publiques sont divers et les missions y sont délibérément non définies. Au Québec, où une grande majorité des bibliothèques publiques autonomes sont placées directement sous la tutelle des municipalités, les bibliothèques publiques doivent définir et légitimer leurs missions avec les élus municipaux. L’objectif principal de cette recherche est de comprendre, via les discours, le point de vue des élus municipaux québécois sur les missions des bibliothèques publiques autonomes, en comparaison avec les pratiques et les ressources des bibliothèques au plan local. Basé sur la théorie de la construction sociale de la réalité, un cadre conceptuel est proposé de manière à étudier non seulement les discours dans leur dimension textuelle, mais aussi à contextualiser ces discours et analyser l’écart entre ces discours et les pratiques des bibliothèques.La stratégie de recherche adoptée est une étude de cas multiples. L’objectif est de développer une analyse en profondeur de chaque cas et une analyse inter cas. Les douze cas (municipalités) ont été sélectionnés en fonction de deux critères de variation (la taille de la municipalité et le budget annuel alloué par la municipalité à la bibliothèque) et un critère discriminant (la distance par rapport à l’Université de Montréal). Des entrevues ont été menées auprès des élus municipaux présidant la commission ou le comité dont dépendent les bibliothèques publiques. Ces entrevues et les politiques culturelles ont fait l’objet d’une analyse de discours. Les entrevues auprès des responsables des bibliothèques et la documentation ont fait l’objet d’une analyse de contenu. Ces analyses ont permis la triangulation des méthodes et des sources de données.Les élus municipaux québécois, comme les professionnels, n’offrent pas un discours homogène sur les missions des bibliothèques publiques. Toutefois, un modèle de discours émerge. Il montre un discours « limité » par rapport à la littérature, dans lequel une image passive de la bibliothèque est présentée et dans lequel la tradition perdure malgré le contexte de la société de l’information. Mais l’analyse révèle aussi que les élus municipaux construisent leurs points de vue sur leurs propres convictions en tant qu’individus, sur leur rôle dans la gestion de la municipalité en tant qu’élus et sur l’image qu’ils ont des usagers des bibliothèques publiques. Enfin, l’analyse a révélé un axe de différenciation des points de vue selon que le discours s’appuie sur des valeurs fondamentales ou sur les usages (réels ou supposés) de la bibliothèque.

La série Aux Abattoirs de la Villette (1929) : le point de vue du photographe Eli Lotar par-delà la revue Documents et la philosophie de Georges Bataille

Ce mémoire étudie la série Aux Abattoirs de la Villette photographiée par Eli Lotar en 1929. Il montre comment elle a été assimilée par l’histoire de l’art au texte « Abattoir » de Georges Bataille, aux côtés duquel ont été reproduites trois photos du corpus sous la rubrique Dictionnaire critique de la revue Documents. Cette emprise théorique sur la série est mise en perspective au regard de la démarche artistique d’Eli Lotar et des autres photomontages dont elle a fait l’objet ensuite. Le premier chapitre insiste sur la formation d’Eli Lotar et introduit son séjour à La Villette en lien avec la thématique de l’abattoir dans l’entre-deux-guerres. Il analyse ensuite la fortune critique d’Aux Abattoirs de la Villette qui s’appuie sur la philosophie de l’informe chez Georges Bataille. Le deuxième chapitre analyse le photomontage de la série fait par E.L.T. Mesens dans Variétés (1930) et le photoreportage reconstitué par Carlo Rim dans Vu (1931). Selon des points de vue et un travail formel différents, tous deux accentuent la dimension humaine de l’industrie d’abattage animal. Le troisième chapitre fait apparaître le regard posé par Eli Lotar sur le site de La Villette en tenant compte de ses préoccupations socio-artistiques à travers ses collaborations auprès de Germaine Krull et Joris Ivens. Finalement, il dresse une analyse comparative de la série avec la toile Abattoir d’André Masson, le poème Porte Brancion de Raymond Queneau et le film Le sang des bêtes de Georges Franju pour renforcer les spécificités du médium photographique.

La "migration de remplacement" au Québec : à quel point peut-on compter sur l’immigration pour contrer les problèmes démographiques appréhendés?

Un document accompagne le mémoire et est disponible pour consultation au Centre de conservation des bibliothèques de l'Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/conservation/).

Lien entre la légitimité perçue de la violence subie dans l’enfance et les comportements violents à l’égard des enfants du point de vue de pères québécois

La transmission intergénérationnelle de la violence envers les enfants et les perceptions reliées aux expériences personnelles de violence dans l’enfance ont été peu étudiées auprès de la population générale et encore moins auprès des pères. L’objectif de la présente étude est de déterminer le lien entre, d’une part, la fréquence rapportée de la violence physique sévère vécue dans l’enfance et la légitimité perçue de cette violence et d’autre part, la violence physique mineure et psychologique envers les enfants au sein de la famille actuelle de 204 pères québécois. Les données sont issues de l’enquête sur la violence familiale dans la vie des enfants du Québec réalisée en 2004 par l’Institut de la Statistique du Québec. Il y a un lien significatif entre la fréquence rapportée de la violence physique sévère vécue dans l’enfance et sa légitimité perçue, ainsi qu’avec la violence envers les enfants dans la famille actuelle des pères. Les pères rapportant avoir souvent ou très souvent vécu de la violence physique sévère dans l’enfance ont actuellement des enfants qui vivent plus de violence psychologique que ceux qui en ont parfois vécu. Plus les pères considèrent la violence physique sévère vécue dans l’enfance comme méritée, plus leurs enfants vivent de la violence psychologique. Enfin, les enfants des pères qui considèrent la violence subie comme parfois méritée vivent moins de violence physique mineure que ceux des pères qui la considèrent comme souvent ou très souvent méritée. Les implications pour la recherche et la pratique sont discutées.

Une injustice programmée? : le point de vue des personnes itinérantes sur leur judiciarisation et leur incarcération

Cette recherche s'intéresse aux perceptions des personnes itinérantes sur leur judiciarisation et leurs incarcérations. La judiciarisation s'opère suite à la remise de constats d'infractions en lien avec les règlementations municipales de la ville, celles de la Société des Transports de Montréal ainsi que le Code de Sécurité Routière. Elle relève donc de la procédure pénale, par opposition au code criminel et concerne des infractions mineures, souvent en lien avec des incivilités. Ultimement, la judiciarisation conduit à l'emprisonnement faute de paiement de l'amende. L'objectif de cette recherche est de mieux comprendre les perceptions à partir d'une compréhension des effets au plan matériel, des relations entretenues avec les différents acteurs socio-judiciaires et du regard que les personnes portent sur la justice à partir de leur expérience. Ancrée dans un cadre théorique fondé sur la reconnaissance (Honneth, 2000), l'expérience de judiciarisation et de l'incarcération est conçue et révélatrice d'un rapport entre la personne itinérante et le système de justice. Pour réaliser cette étude, deux méthodologies complémentaires ont été utilisées. La première s'appuie sur 29 entrevues réalisées avec des personnes itinérantes, portant sur leurs expériences de judiciarisation et sur leur expérience de rue. La seconde a consisté en une analyse statistique descriptive des dossiers judiciaires des 29 personnes, dossiers comprenant l'ensemble des infractions reprochées (criminelles et pénales) ainsi que le processus judiciaire suivi par chacune.

Mise au point de nanoparticules polymères pour l'administration parentérale d'agents anticancéreux hydrophobes

Plusieurs agents anticancéreux très puissants sont caractérisés par une solubilité aqueuse limitée et une toxicité systémique importante. Cette dernière serait liée d’une part à la solubilisation des agents anticancéreux à l’aide de surfactifs de bas poids moléculaire, connus pour leur toxicité intrinsèque, et d’autre part, par le manque de spécificité tissulaire des anticancéreux. Les vecteurs colloïdaux à base de polymères permettraient de résoudre certains défis liés à la formulation d’agents anticancéreux hydrophobes. D’abord, les polymères peuvent être sélectionnés afin de répondre à des critères précis de compatibilité, de dégradation et d’affinité pour le médicament à formuler. Ensuite, le fait d’encapsuler l’agent anticancéreux dans un vecteur peut améliorer son efficacité thérapeutique en favorisant son accumulation au niveau du tissu cible, i.e. la tumeur, et ainsi limiter sa distribution au niveau des tissus sains. Des travaux antérieurs menés au sein de notre laboratoire ont mené à la mise au point de micelles à base de poly(N-vinyl-pyrrolidone)-bloc-poly(D,L-lactide) (PVP-b-PDLLA) capables de solubiliser des agents anticancéreux faiblement hydrosolubles dont le PTX. Ce dernier est commercialisé sous le nom de Taxol® et formulé à l’aide du Crémophor EL (CrEL), un surfactif de bas poids moléculaire pouvant provoquer, entre autres, des réactions d’hypersensibilité sévères. Bien que les micelles de PVP-b-PDLLA chargées de PTX aient démontré une meilleure tolérance comparée au Taxol®, leur potentiel de ciblage tumoral et leur efficacité thérapeutique étaient similaires à la forme commerciale à doses égales. Ceci était possiblement dû au fait que les micelles étaient rapidement déstabilisées et ne pouvaient retenir leur cargo suite à leur administration intraveineuse. Nous avons donc décidé de poursuivre les travaux avec un autre type de vecteur, soit des nanoparticules, qui possèdent une stabilité intrinsèque supérieure aux micelles. L’objectif principal de cette thèse de doctorat était donc de mettre au point des nanoparticules polymères pour l’administration parentérale d’agents anticancéreux faiblement solubles dans l’eau. Les nanoparticules devaient permettre d’encapsuler des agents anticancéreux hydrophobes et de les libérer de manière contrôlée sur plusieurs jours. De plus, elles devaient démontrer un temps de circulation plasmatique prolongée afin de favoriser l’accumulation passive du médicament encapsulé au niveau de la tumeur. La première partie du travail visait à employer pour la première fois le copolymère amphiphile PVP-b-PDLLA comme émulsifiant dans la préparation de nanoparticules polymères. Ainsi, une méthode de fabrication des nanoparticules par émulsion huile-dans-eau a été appliquée afin de produire des nanoparticules à base de PDLLA de taille inférieure à 250 nm. Grâce aux propriétés lyoprotectrices de la couronne de PVP présente à la surface des nanoparticules, celles-ci pouvaient retrouver leur distribution de taille initiale après lyophilisation et redispersion en milieu aqueux. Deux anticancéreux hydrophobes, soit le PTX et l’étoposide (ETO), ont été encapsulés dans les nanoparticules et libérés de ces dernières de façon contrôlée sur plusieurs jours in vitro. Une procédure de « salting-out » a été appliquée afin d’améliorer le taux d’incorporation de l’ETO initialement faible étant donnée sa solubilité aqueuse légèrement supérieure à celle du PTX. Le second volet des travaux visait à comparer le PVP comme polymère de surface des nanoparticules au PEG, le polymère le plus fréquemment employé à cette fin en vectorisation. Par le biais d’études d’adsorption de protéines, de capture par les macrophages et de biodistribution chez le rat, nous avons établi une corrélation in vitro/in vivo démontrant que le PVP n’était pas un agent de surface aussi efficace que le PEG. Ainsi, malgré la présence du PVP à la surface des nanoparticules de PDLLA, ces dernières étaient rapidement éliminées de la circulation sanguine suite à leur capture par le système des phagocytes mononucléés. Par conséquent, dans le troisième volet de cette thèse, le PEG a été retenu comme agent de surface, tandis que différents polymères biodégradables de la famille des polyesters, certains synthétiques (PDLLA et copolymères d’acide lactique/acide glycolique), d’autres de source naturelle (poly(hydroxyalkanoates)(PHAs)), ont été investiguées comme matériaux formant le cœur des nanoparticules. Il en est ressorti que les propriétés physicochimiques des polyesters avaient un impact majeur sur l’efficacité d’encapsulation du PTX et son profil de libération des nanoparticules in vitro. Contrairement aux PHAs, les polymères synthétiques ont démontré des taux d’incorporation élevés ainsi qu’une libération contrôlée de leur cargo. Des études de pharmacocinétique et de biodistribution ont démontré que les nanoparticules de PDLLA dotées d’une couronne de PEG conféraient un temps de circulation plasmatique prolongé au PTX et favorisaient son accumulation tumorale. Les nanoparticules polymères représentent donc une alternative intéressante au Taxol®.

De l’aller-retour au point de non-retour : Étude comparative de l’expérience interculturelle et du sentiment d’épuisement culturel des expatriés occidentaux en Inde

Afin de saisir le contexte du phénomène de l’expatriation d’Occidentaux en Inde, nous relevons d’abord certains traits de la modernité occidentale, tels le sentiment d’aliénation, le tournant subjectiviste, la globalisation et les principaux mythes-modèles de l’Inde qui circulent dans les pays occidentaux et donnent naissance aux projets d’expatriation. Une approche expérientielle facilite la compréhension de l’expatriation telle qu’elle est vécue par les acteurs. La collecte de données ethnographiques permet de saisir ces expériences à partir de récits recueillis dans trois zones frontière : 1) à Rishikesh, auprès d’expatriés spirituels; 2) à Calcutta, auprès d’expatriés humanitaires; 3) à Goa, auprès d’expatriés hédonistes-expressifs cherchant à améliorer leur style de vie. Ces données ethnographiques sont présentées dans trois chapitres distincts. Un chapitre comparatif met ensuite en relief quelques points de convergence dans l’expérience des expatriés, soit l’insertion locale au sein de communautés spécifiques, fortement associées à des mythes-modèles de l’Inde; le renouveau identitaire découlant de l’expérience interculturelle; et finalement, l’impact du transnationalisme sur la consolidation du malaise face à la modernité. La discussion théorique présente les solutions mises en branle par les expatriés pour tempérer leur malaise par rapport à l’Occident, soit : 1) l’engagement en profondeur dans un mode de vie permettant de se réaliser selon ses propres aspirations; 2) le regroupement par affinités et l’adoption d’un rôle social clair; 3) l’affranchissement de la pression sociale et l’adoption de pratiques transnationales permettant de préserver une continuité affective avec les proches tout en endossant un statut d’étranger. L’étude révèle aussi qu’on ne peut faire abstraction de l’histoire des relations de l’Occident avec le sous-continent pour comprendre les relations interculturelles des expatriés occidentaux avec les Indiens locaux. Enfin, les privilèges socioéconomiques des Occidentaux en Inde sont clairement identifiés comme étant une condition essentielle de leurs projets d’expatriation, ceux-ci étant néanmoins motivés principalement par un sentiment d’épuisement culturel face à l’Occident et à son mode de vie. Faisant suite à l’analyse des points de vue critiques sur la modernité (renforcés par l’expérience d’altérité), la thèse s’achève sur l’évocation de quelques pistes de recherche pour une anthropologie de l’Occident, tout en interrogeant, implicitement, le projet anthropologique.